本发明涉及一种三聚氰胺甲醛树脂/聚硅磷氧烷微胶囊阻燃剂及其制备方法。首先将磷酸、硅烷与无水乙醇混合均匀，滴加水和盐酸溶液，反应得到聚硅磷氧烷；其次将三聚氰胺、甲醛、正丁醇置于1号反应釜中，经加热、碱液调pH得到透明溶液；最后将分散剂、水、聚硅磷氧烷和1号反应釜中溶液按一定质量比混合，经加热、调pH反应后得到三聚氰胺甲醛树脂/聚硅磷氧烷微胶囊阻燃剂。本发明制备得到的三聚氰胺甲醛树脂/聚硅磷氧烷微胶囊阻燃剂，阻燃效率高，抑烟效果优异，有效防熔滴，易储存，无腐蚀性，对环境和人体无害，适合用作聚酯、聚氯乙烯、聚丙烯、聚乙烯、环氧树脂和不饱和树脂的高效阻燃抑烟剂，并且阻燃稳定性强，环保，应用前景广泛。