本发明涉及一种低缺陷高透光率金刚石生长方法和系统。一种低缺陷高透光率金刚石生长方法，包括步骤：阶段通入氧气：对籽晶表面进行预处理后放入生长仓中，通入一定功率的微波后通入氢气和氧气对籽晶进行表面刻蚀15‑60min；然后，停止通入氧气，通入一定量的氩气后通入碳源生成碳离子团后稳定生长金刚石；每隔第一时间，停止通入碳源，通入氧气刻蚀10‑30min；基板台升降：在所述稳定生长的同时，实时检测金刚石生长的厚度数据，根据所述厚度数据，控制基板台的高度，进而使金刚石的生长面始终处于最佳生长位。本发明提供的一种低缺陷高透光率金刚石生长方法和系统，生长的金刚石具有层状结构，且氧元素含量随着金刚石厚度的增加，含量呈周期性规律分布。