本发明公开了一种双组份有机硅灌封胶及其应用方法，包括A、B组分，A组分包括具有端基硅氧烷基的超支化有机硅树脂、乙烯基MQ树脂和第一导热材料，B组分包括含氢硅油、硅烷偶联剂和第二导热材料；具有端基硅氧烷基的超支化有机硅树脂由投料摩尔比为0.5‑2∶1的甲基乙基乙烯基硅氧烷和二甲基烯丙基硅氧烷反应制成；应用方法：在应用时，按配方量称取A、B组分，混合搅拌均匀后浇注在待灌封保护的器件上，反应固化即可；本发明的双组份有机硅灌封胶，其不仅能够确保有机硅灌封胶具有高导热性能、绝缘性持久，而且避免了使用或存放过程中出现粒子沉降现象，使得批次间的灌封胶质量保持均一稳定，同时还兼具耐高低温性能及优异的机械力学性能等。