本发明提供了一种生物阴极型产氢微生物电解池的生物阴极驯化方法，其特征在于包括：A)在微生物燃料电池模式下培养阳极产电微生物种群，B)在微生物电解池制氢模式下驯化阳极噬氢微生物种群，C)在三电极模式下驯化培养阴极产氢微生物。根据本发明的一个进一步的方面，将上述步骤A)中得到的生物阳极与上述步骤C)中驯化培养的生物阴极组合，构成生物阴极型微生物电解池(400)。本发明还提供了一种产氢生物阴极型微生物电解池，其包括：上述的步骤A)中得到的生物阳极，和上述的步骤C)中驯化培养的生物阴极。