本发明涉及水性环氧防腐涂料技术领域，且公开了一种自乳化氟硅改性双组份水性环氧防腐涂料，所述涂料的成分包括：水性树脂、水性环氧酯树脂、DPOMA、空心玻璃微珠、成膜助剂、磷酸锌、防锈颜料、颜填料、三聚磷酸铝、二甲苯、中和剂、复合硅酸盐系岩片份、复合硅酸盐系纤维、石墨烯、增稠剂、消泡剂、引发剂、助剂、pH调节剂、硅溶胶、助溶剂。通过水性环氧酯树脂、空心玻璃微珠、防锈颜料与成膜助剂按本发明的份数配比后，使本发明所提供的用于船舶表面涂漆，具有优异的防霉耐腐蚀等作用，改善了船内仓的环境，保护了工作人员的健康。