本发明提供了一种修正电磁干扰分离中独立分量分析法不确定度的方法，用于电磁干扰分离领域。该方法包括：根据混合估计矩阵每一列的正负性，调整独立分离信号矩阵的相位，并寻找与所有独立分离信号的相关系数的和最大的实测信号S；进行变换域处理得到新的独立分离信号FS；以一定步长搜索独立分离信号的特征频点；根据特征频点，确定当前独立分离信号与最大相关实测信号之间的能量比例系数，获得新频域的独立分离信号；对新频域的独立分离信号做傅里叶反变换，并剔除修正信号。本发明方法修正了基于独立分量分析之后独立的分离电磁干扰信号的相位和幅值，且修正结果精确，可用于电磁干扰试验的定量分析。