本发明涉及一种阻燃聚苯醚/聚酰胺66组合物及其制备方法，所述阻燃聚苯醚/聚酰胺66组合物由以下原料制备而成：高黏度聚苯醚树脂、低黏度聚苯醚树脂、低黏度聚酰胺66树脂、苯乙烯与甲基丙烯酸缩水甘油酯共聚物、甲苯二异氰酸酯、氢化苯乙烯‑异戊二烯共聚物接枝马来酸酐、N,N'‑双(2,2,6,6‑四甲基‑4‑哌啶基)‑1,3‑苯二甲酰胺、双(2,6‑二叔丁基‑4‑甲基苯基)季戊四醇二磷酸酯、季戊四醇锌、硅烷偶联剂、层状硅酸盐、烷基次膦酸盐、三聚氰胺聚磷酸盐。该阻燃聚苯醚/聚酰胺66组合物具有优异力学性能、加工性能和阻燃性能，可应用于电子电器产品、耐高压及户外使用的部件等。