本发明提供一种可用于生物脱硫菌改造用质粒构建中制取载体的方法。所述方法是利用一种分离自嗜盐嗜碱极端脱硫微生物的特定的酶TmUvr，在目的位点将质粒切成线性片段，然后这个线性的载体进一步连入目的片段，从而完成质粒的构建。本发明避免了在构建质粒过程中遇到的没有合适酶切位点的情况下，需要经过反向PCR扩增得到载体而引入的复杂操作以及带入的碱基突变问题。从而提高了实验效率和实验的准确性。