本发明公开了一种水性有机硅抗开裂防腐涂料及其制备方法，涂料配方由A组分和B组分组成，使用时按A组分：B组分＝10:1‑1.1的比例混合；A组分的配方按照质量份数包括：45‑60份有机硅柔性乳液；有机硅柔性乳液的配方包括：线性有机硅聚合物，疏水性气相二氧化硅，非离子乳化剂；B组分的配方按照质量份数包括：三官能度交联剂40‑50份，四官能度交联剂40‑50份,偶联剂20‑25份，催化剂1.0‑1.5份，非离子乳化剂3‑5份；配方将性能优异的有机硅防腐涂料制备成水性有机硅抗开裂防腐涂料；制备方法保证交联剂对树脂的结构调整作用，从而确保了固化后的涂层具有良好的抗开裂性能和致密性。