一种基于干扰观测器的指令滤波反步控制方法，针对多源干扰非线性系统，设计一种抗干扰非线性控制器。本发明包括以下步骤：首先，建立多源干扰系统的非线性数学模型；其次，设计非线性干扰观测器估计系统中的等价干扰；再次，将由非线性干扰观测器得到的等价干扰估计值代入指令滤波反步控制器中，构造抗干扰指令滤波反步控制器；最后，通过极点配置方法设计保证闭环复合误差系统渐近稳定的指令滤波反步控制器增益和非线性干扰观测器增益。本发明所述的控制方法抗干扰能力强，可用于飞行器、机械臂、生化过程和船舶等系统的抗干扰控制。