本发明提供了一种含氟不对称链状碳酸酯的制备方法，包括以下步骤：a)将含氟一元醇、卤代碳酸酯和缚酸剂按照一定的摩尔比称重配料，或将三种原料预先按照一定的摩尔比溶于溶剂配成溶液；b)将三种原料或由它们配制成的溶液按照特定的进料方式通入连续流反应器的混合模块中预混，得到反应原料混合物；c)将步骤b)得到的反应原料混合物在连续微通道反应器的反应模块中进行反应，得到含氟不对称链状碳酸酯粗品，再经过后处理后得成品。与现有技术相比，本发明提供的制备方法工艺简单、成本低，安全、绿色环保，可连续生产，具有较高的原料转化率和产物选择性，能够大大缓解现有制备方法在环保及产能方面的压力，具有非常好的工业化应用前景。