本发明涉及一种基于自适应尺度变化的借力飞行探测器自主天文导航方法，首先建立深空探测器状态模型、自主天文导航系统量测模型，然后获取自主天文导航系统的量测量，采用自适应尺度变化Unscented卡尔曼滤波方法，一方面获得适合当前模型的时间尺度，另一方面获得探测器在目标天体为中心惯性坐标系中的位置和速度；将所得的时间尺度、位置、速度用于下一时刻的导航。本发明属于航天导航技术领域，可随探测器受到的引力加速度随时间的变化自适应变化时间尺度，减小由固定时间尺度时间更新引起的导航系统模型误差，适用于借力飞行深空探测器。