本发明公开了一种长效灭菌剂的制备方法，按如下步骤进行：S1，取二氧化氯母体、缓冲剂与水进行混合，并搅拌至二氧化氯母体完全溶解，形成二氧化氯母体溶液；S2，将激活剂加入所述二氧化氯母体溶液中搅拌反应10～15分钟；S3，加入催化剂，继续反应至第80～100分钟时加入二次激活剂进行二阶反应，继续反应至第170～190分钟时，再加入二次激活剂进行三阶反应，其中，上述原料的重量百分比含量范围如下：二氧化氯母体10%～25%；缓冲剂1%～10%；激活剂5%～15%；催化剂0%～6%；二次激活剂0.02%～0.08%；余量为水。本发明具有灭菌效果佳；存放稳定性佳；灭菌效果持续长久；产生的二氧化氯纯度高；绿色环保，制备成本低等优点。