本发明公开了一种基因编辑技术提高番茄中番茄红素含量的方法，包括以下步骤：分别构建Lcyb1、Lcyb2、CycB和LcyE基因的靶序列T1～T4，然后通过靶序列分别构建其对应的T1sgRNA～T4sgRNA表达盒；将T1sgRNA～T4sgRNA表达盒与crispr/cas9表达载体进行组装，得到重组质粒；利用农杆菌侵染法将重组质粒转化到番茄中，得到番茄新材料，因为新番茄材料中与番茄红素环化酶合成相关基因会存在一个或多个基因的突变，从而抑制番茄红素环化酶的合成，使得新番茄材料的番茄红素含量提高；本发明的方法可实现对一个或多个番茄红素环化酶基因进行编辑，且通过遗传分离可筛选出不含外源载体序列的番茄材料，不存在转基因风险。