本发明公开了一种耐高温棉花的选育方法，为选育耐高温棉花新材料和新品种提供了依据。该方法首先通过对具有耐高温潜力的基础材料进行训练筛选出耐高温的候选亲本材料，并对其花粉进行高温训练和姊妹交；其次，将姊妹交获得种子在高温环境下种植并筛选出候选亲本材料，同时进行高温潜力亲本材料创建，并开展高温潜力的亲本材料在自然条件下的田间花粉高温训练及其筛选；再次，在高温环境下将筛选出的具备耐高温的潜力亲本材料开展材料间或植株间的杂交，获得特异耐高温杂交材料，对特异耐高温杂交材料进一步筛选，即可得到耐高温的棉花亲本材料。本发明的育种目标明确，针对性强，定向选择明确，同时降低了成本，节省了时间。