本发明公开了一种生物可降解脂肪族‑芳香族共聚酯的制备方法，步骤包括，芳香族二羧酸、脂肪族二羧酸经过连续酯化后，加入环氧大豆油、并进行连续预缩聚，在预缩聚过程中环氧基通过酯交换接入聚对苯二甲酸‑己二酸‑丁二醇酯PBAT分子链中，然后在更高温度条件下，连续的进行缩聚，使得分子量、特性粘度达到目标值。本发明所公开的生物可降解脂肪族‑芳香族共聚酯制备方法，可以使得聚酯更容易的达到目标特性粘度和分子量，减少高温、高粘物料的缩聚时间，减少副反应、降低产品端羧基值、解决树脂黄变问题。本发明所公开的生物可降解脂肪族‑芳香族共聚酯制备方法，未使用小分子扩链剂来扩链，解决残留扩链剂从塑料迁移到食品中问题。