一种川西北高寒高原羊粪无害化处理及其资源化利用的方法，包括如下步骤：步骤A、发酵菌的配制与功能菌的选择：步骤B、发酵菌剂与功能菌剂的制备；步骤C、羊粪的堆放；步骤D、添加发酵剂；步骤E、添加氮源；步骤F、羊粪发酵：步骤G、添加功能菌剂。利用在川西北高寒高原筛选的本土酵母菌、芽孢杆菌、乳酸杆菌，并按照一定比例混合组成的复合菌群是高效的低温活性微生物发酵菌，它能在高寒、强紫外线等不利条件下迅速生长繁殖，并对羊粪进行快速生物发酵，从而达到对该区域的羊粪进行无害化处理之目的。