本发明提供了一种光伏跟踪器控制系统，包括：倾角监测装置，用于监测各光伏跟踪器主轴的角度信息；气象信息监测装置，用于监测项目地的气象信息；控制器，用于根据倾角监测装置提供的各光伏跟踪器主轴的角度信息及气象信息监测装置提供的项目地的气象信息分别控制各驱动装置；驱动装置，用于根据控制器的控制指令转动光伏跟踪器主轴；供电装置，用于向控制器提供电源。该光伏跟踪器控制系统创造性地提出使用小区块控制系统电气联动技术，控制器可以随意控制每个光伏跟踪器阵列的启停，且该系统还可以根据气象可以根据倾角监测装置及气象信息监测装置提供的信息快速进行故障检测和故障排除，并对各驱动装置进行精确控制，有效提升系统可靠性。