一种高效的脂肪酸甲酯与甘油自动分离装置，包括上料盒、移动板、上料架、分离箱、顶盖、搅拌器、安装台、清洁刷、出料管、压滤机和支腿；顶盖上设置有进料口，顶盖上设置有用于驱动搅拌器转动的第二电机，顶盖设置在分离箱顶部；清洁刷设置在安装台上，清洁刷与分离箱内表面接触；安装台竖直设置；上料架上设置有用于驱动移动板沿竖直方向移动的驱动机构；移动板上设置有用于驱动上料盒向进料口方向翻转以将上料盒内的膨润土通过依次通过出料口和进料口倒入分离箱内部的翻转机构。本发明使得甘油能充分的吸附到膨润土中，再将脂肪酸甲酯和吸附有甘油的膨润土通过压滤机分离，保证了脂肪酸甲酯和甘油的分离效率和分离效果。