本发明公开一种带有防护结构的新能源电池组装设备及其工作方法，包括主流水线架，主流水线架两侧均设置有防护座升降架，主流水线架一侧设置有胶壳上料架。本发明通过将防护底座等间距放在第一辊筒输送机上，第一辊筒输送机将防护底座输送至胶壳上料架一侧的防护座升降架上的传送辊上，提升轨将传送辊提升至第一辊筒输送机一侧，第一电机输出轴带动带轮组转动，带轮组带动传送辊将防护底座输送至第二辊筒输送机上，通过设置两个上下设置的第一辊筒输送机和第二辊筒输送机，配合两个防护座升降架，可以完成对防护底座进行来回传送，装配完成的电池可以从防护底座取出后继续进行下一次的电机固定。