本发明公开一种微小型飞行机器人集成飞行控制系统，包括微型中央处理模块，负责管理各个模块并运行控制算法；定位模块，用于测量飞行机器人的位置和速度信息并传送给微型中央处理模块；惯性测量模块，用于测量飞行机器人的姿态以及角速度信息；智能预警模块，监测飞行机器人的飞行状态以便及时发出预警；驱动模块，根据微型中央处理模块的指令驱动飞行机器人的作动；无线通信模块，负责飞行机器人与地面站系统的数据通信；数据存储模块，负责存储飞行过程中的数据；电源管理模块，负责给整个系统供电。本发明可集成制导与姿态控制功能，具有集成化高、重量轻、体积小、功能强等优点，可有效提高微小型飞行机器人的推重比和效率。