本发明公开了一种在近圆轨道航天器后方根据相对运动特征量进行伴飞初始化控制的方法。该方法包括轨道周期解算模块、相对运动特征量解算模块、轨道控制策略模块以及推力器开关机控制模块。该控制方法存储于追踪航天器数据处理单元内，借助追踪航天器上装备的相对跟瞄设备、INS/GPS组合导航设备和推力器控制追踪航天器在目标航天器的后方区域内由逼近状态转换为长期、稳定的伴飞状态。该控制方法具有数据处理过程简洁，计算量小，控制效果好的优点。