本发明公开了一种无线充电系统频率的控制方法、系统、设备及存储介质。本发明通过分别将包含主频率信息的信息量及从频率信息的信息量对应设置为主相位观察量及从相位观察量；以初始频率运行副边设备，并分别对主相位观察量及从相位观察量进行采样；设置观察的起始点，并自所述起始点的预设时间内根据主从相位信息确定当前主频率与当前从频率的大小关系；根据大小关系对当前从频率的大小进行调节，以使当前从频率跟踪当前主频率。通过选取两个分别包含主从频率信息的信息量，根据信息量的相位判断两个频率的关系后调频，使两个频率相同或相近，无需通过原副边通讯或增加辅助线圈，满足了工程应用场景，实现工程化和系统稳定性。