本发明公开了一种使用工业尾气发酵废液制备氨基酸肥料的方法及系统，所述方法包括：通过对工业尾气发酵废液进行浓缩处理，得到浓缩废液；对所述浓缩废液进行水解处理，得到氨基酸溶液；并对所述氨基酸溶液进行干燥，得到氨基酸肥料。本发明能够将工业尾气发酵废液转化为氨基酸肥料，保留了工业尾气发酵废液中的氮、磷和钾等微量元素，从而提高了工业尾气发酵废液的资源利用率，并且降低了污水处理负荷。