本发明属于一种从棉籽酸化油中提取植物甾醇的方法，分以下步骤：（1）前处理、预处理：将原料油过滤除杂、脱水、加热，与磷酸、水混合经反应器、干燥塔得到脱胶油；（2）脂肪酸蒸馏：酸化油经加热、脱气进入主蒸馏塔、残渣蒸馏塔蒸馏；（3）蒸馏轻相酯化：分子蒸馏轻相与甲醇混合酯化反应，与甲醇混合二级酯化反应，得到酸值低于8的酯化液；（4）将酯化液加入冷析釜，经初冷、深冷，养晶，过滤得到粗甾醇滤饼；（5）将粗甾醇滤饼与乙醇混合加热，过滤杂质，进行初冷、深冷，停止搅拌，养晶得到植物甾醇，粉碎、过筛，得成品甾醇，纯度高于95%，收率大于60%以上。本发明充分利用废弃资源，操作简单，可以提高分子蒸馏轻相中甾醇的含量。