本发明公开了一种用于控制孤岛系统传输功率的方法及系统，属于电力系统技术领域。本发明方法，包括：获取孤岛系统电流信号和功率信号；确定孤岛系统故障是否为单极闭锁故障及孤岛系统换流站直流电压可调范围；将孤岛系统换流站直流电压在所述可调范围内进行升压且降低换流站直流电流至预设范围，获取换流站正常极功率值；确定换流站正常极功率值下降且下降至换流站流入功率值，停止对孤岛系统换流站直流电压升压及停止降低换流站直流电流。本发明过程简单，易于实现，可以经济高效的实现孤岛系统新能源机组的故障穿越。