本发明涉及燃料电池技术领域，尤其是指一种燃料电池系统的低温环境启动控制方法，设定低温的临界环境温度T0，分别在环境温度T大于T0和小于T0时，设定不同的初始加热功率和不同的功率变化量，从而利用燃料电池系统的发电过程中产生的热量逐渐给燃料电池系统升温，实现在不额外增加零部件的前提下，利用燃料电池系统自身的部件，实现系统的自加热，加热过程通过对电堆单片电压的实时判断，进行对应调整，达到保护燃料电池电堆的同时，系统升温，能够正常启动。