本发明公开了在多晶硅冷氢化生产中控制汽液分离器液位的方法及系统，包括：汽液分离器改造：在汽液分离器上安装温度计和液位计，温度计用于测量汽液分离器内硅烷液的温度，液位计用于检测汽液分离器内硅烷液的液位；在汽液分离器的出口设置调节阀；设置液体存储设备：液体存储设备包括冷凝液中间罐和TCS缓冲罐，提供给后续工艺设备硅烷液；液体存储设备与汽液分离器相连，用于接收汽液分离器流出的硅烷液，其中，液体存储设备与汽液分离器相连的管道上安装调节阀，通过调节阀控制硅烷液进入液体存储设备的流量。本发明通过大量的方案设计，最终设计出一套合理的排液处理方案，该方案可持续运行且自动化程度高，解决了汽液分离器排液困难的问题。