本发明公开一种燃料电池热管理系统及方法，属于新能源电池技术领域。所述燃料电池热管理系统包括流体驱动装置、流量控制装置和电导率测量装置，由流体驱动装置输送的冷却液流经第一支路和第二支路后，汇聚并流经燃料电池电堆，并回流至流体驱动装置，第一支路上设有去离子器，流量控制装置被配置为调节冷却液分别流经第一支路和第二支路的流量，电导率测量装置被配置为测量冷却液的电导率。本发明电导率测量装置实时测量冷却液的电导率，以随时调节流量控制装置的开度，控制流经第一主路的冷却液的流量，即控制经去离子化处理的冷却液的占比，进而调节整个系统的冷却液的电导率，保证燃料电池电堆内反应的安全性。