本发明公开了一种小水电微电网电源容量配置方法，先从相关数据库获取微电网中水电站入、出库流量的数据，通过计算分析，构建小水电站入、出库流量的数据集；然后计算入库和出库的流量均值和方差；接着计算水库入库流量按照正态分布规律变化的概率以及微电网中小水电站入库流量平均值；最后计算小水电站小水电发电机组装机容量。本发明反映了入库流量变化的概率随机性，为小水电微电网电源容量配置、发电出力预测、运行调度提供理论指导，为分布式新能源发电及智能电网调度运行提供必要的技术支撑。