本发明公开一种储能系统控制方法、装置及储能系统，该储能系统包括具有主变压器的主供电系统和具有至少一个子变压器的储能单元；该储能单元为多个，该储能系统控制方法包括以下步骤：获取供电系统的公共连接计量点的有功功率，以及各储能单元并网计量点的有功功率；根据储能系统的工作模式，以及获取的公共连接计量点的有功功率，以及各储能单元并网计量点的有功功率确定主变压器和/或子变压器是否出现逆流或者过载；在确定主变压器和/或子变压器出现逆流或者过载时，生成对应的逆流或者过载保护控制策略对储能单元进行控制。本发明有利于提高主变压器和各子变压器的安全性和可靠性，可以延长变压器的使用寿命，从而提高储能系统稳定性。