本发明公开了一种基于频域模式法的新能源系统次同步振荡溯源方法及系统，其中，该方法包括：建立目标系统的阻抗网络模型，并形成网络的节点导纳矩阵和回路阻抗矩阵，根据矩阵的行列式零点，求得系统的振荡模式，得到次同步振荡模式；基于频域模式分析，计算节点和支路对次同步振荡模式的参与因子，通过比较各节点和支路的参与因子，定位振荡的影响区域；根据次同步振荡的影响区域建立灵敏度矩阵，计算各元件的灵敏度，通过比较各元件的灵敏度，定位影响振荡的关键元件。最后，根据次同步振荡的影响区域和关键元件进行振荡溯源。该方法可以定位振荡的主要影响区域和影响振荡的关键元件，从而实现对次同步振荡的振荡源进行辨识。