本发明公开了一种生物质灰渣的处理方法及系统，处理方法，包括如下步骤：将生物质飞灰进行筛分；小于设定粒径的飞灰与水混合，进行超声强化浸出，过滤得浸出液和滤渣；所述浸出液用作脱硫脱硝浆液，或浓缩后用作化肥原料；所述滤渣用于水泥、混凝土建材或建工原料。采用超声波技术对飞灰进行超声强化浸出，可以高效浸出易溶性离子的同时，相比酸液浸出时，又能显著降低重金属离子的浸出，进而显著降低了浸出液中重金属离子的含量。当采用浸出液作为脱硫脱硝溶液时，脱硫脱硝产物用作化肥或将浸出液经过浓缩后直接用作化肥时，可以显著减少浸出液中的重金属离子对土壤造成的二次污染。