本发明公开的一种水生藻类收集处理设备，包括回收箱，所述回收箱内设有回收腔，所述回收腔内设有收集水藻的收集装置，所述回收腔左侧端面上设有输送装置，所述回收腔右侧端面上固定连接有干燥箱，所述干燥箱内设有干燥腔，所述干燥腔内设有干燥装置，所述干燥腔右侧端面上固定连接有压缩箱，所述压缩箱内设有开口朝右的压缩腔，所述干燥腔与所述回收腔之间相通连接有回流孔，所述干燥腔与所述压缩腔之间相通连接有落料孔，且所述落料孔与所述回流孔相通连接，所述落料孔与所述回流孔及所述干燥腔相通处设有切换装置，本发明能机械化的打捞水藻，并对水藻进行快速干燥和压缩处理，从而能避免水藻在短时间内变质。