本发明公开了一种酸性矿业废水生物处理系统及方法，包括处理池微生物挂膜和酸性矿业废水处理过程。所述处理池微生物挂膜，是通过将中性尾矿中的厌氧微生物富集在生物挂膜材料上，所述酸性矿业废水处理过程，则是通过生石灰调节废水酸碱性，添加氯化铵NH4Cl和醋酸钠CH3COONa为微生物反应提供碳源和氮源，经过至少三级生物反应池将废水中的重金属转化成硫化物矿物沉淀。本发明实施例提供的一种处理酸性矿业废水的生物处理工艺通过酸碱调节和微生物反应等步骤，从而使得本发明实施例能够对pH低、硫酸盐和重金属含量高的酸性矿业废水进行有效处理。