本发明提供了一种微生物肥料及其制备方法和应用，属于肥料生产技术领域，所述微生物肥料由包括以下原料制备得到：作物秸秆、畜禽粪便、第一菌剂、第二菌剂和多粘芽孢杆菌菌剂；所述第一菌剂包括巨大芽孢杆菌和枯草芽孢杆菌；所述第二菌剂包括圆褐固氮菌和泾阳链霉菌。本发明的微生物肥料中包括巨大芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、圆褐固氮菌、泾阳链霉菌和多粘芽孢杆菌，这一菌株组合具有营养、防病、抗逆功效，并且，本发明以作物秸秆和畜禽粪便为原料制备得到的吸附剂作为菌剂的吸附基质，使得产品性能稳定，货架期延长，使用效果更佳。