本发明提供一种虚拟磁盘的冗余数据删除方法及系统，所述方法包括：对QCOW2格式的同一根磁盘下至少两个虚拟磁盘进行预处理，分别获取至少两个QCOW2格式的虚拟磁盘的文件信息；根据至少两个虚拟磁盘的文件信息确定至少两个虚拟磁盘中是否存在冗余的数据；若存在冗余的数据，则将冗余的数据存储在根磁盘中；删除存储有冗余的数据的至少两个虚拟磁盘中的冗余的数据。在本发明实施例中，通过后处理冗余数据删除的方法，对运行状态为闲置、暂停或关闭的虚拟机所对应的虚拟磁盘上的冗余数据进行分析和删除，从而不会影响虚拟机的正常使用，并且也不会影响到虚拟机的IO性能。