本发明涉及一种含海水淡化负荷的海岛微电网控制方法及装置，包括：根据海岛内当前时刻海水淡化负荷对应的蓄水池的蓄水量和用水用户的用水需求量确定海岛内当前时刻海水淡化负荷的用电功率上/下限参考值；并利用海岛内历史时刻海水淡化负荷的特征序列对其进行修正，获得海岛内当前时刻海水淡化负荷的用电功率上/下限值；根据获取的海岛内当前时刻新能源发电机组的输出功率和所述海岛内当前时刻海水淡化负荷的用电功率上/下限值对海岛微电网进行调度控制；本发明可有效解决含海水淡化负荷的微电网的多能源互补消纳，尽可能减少传统发电机组的运行时间，提高了微电网的稳定性和经济性。