本发明公开了一种燃料电池商用车储氢控制系统，包括：加氢管路，其一端与加氢口相连，另一端与储氢装置的一端相连，供氢管路，其一端与燃料电池入口相连，另一端与储氢装置的一端相连；排空管路，其一端与减压阀相连，另一端与储氢装置的另一端、排空口相连；控制器，分别与加氢管路中的压力采集装置、第一温度采集装置、第一管路开关装置相连；第一管路开关装置包括一电磁阀，以在控制器发送关闭信号时做断开加氢管路的动作；第二管路开关装置包括另一电磁阀，以在控制器发送关闭信号时做断开供氢管路的动作。应用本发明实施例，自动进行瓶阀驱动、氢气压力检测，通过控制器能够及时检测在工作时出现的氢气存在过压、过流、欠压问题。