本发明提供了一种新能源汽车燃料电池过滤盒，包括盒体以及安装在盒体内的过滤组件，盒体呈两端开口的空腔结构，盒体两端开口上安装有两个密封板，每一个密封板上设有一个过滤口，盒体内填充有填充有树脂，盒体内壁上还固定安装有至少两个限流隔板，盒体内的侧壁上以及限流隔板上均安装有伸缩棉，限流隔板将盒体内分割为多个空腔，限流隔板和盒体内侧壁之间留有第一间隙，两个过滤口、多个空腔及多个第一间隙形成一个连续的冷却水流道。通过限流隔板对树脂的限制，延长冷却水在盒体内停留的时间，进而保证冷却水进入盒体后可充分和树脂接触过滤。