本发明公开了一种V型燃气发动机两侧功率平衡控制系统及控制方法，控制系统包括与转速传感器均电连接的主、从侧ECU，与主、从侧ECU均通讯连接的进气压力平衡单元，以及与主、从侧气缸对应相连的主、从侧进排气单元；主、从侧进排气单元的检测端和控制端分别与主、从侧ECU电连接。控制方法包括基于转速差调节气门开度的步骤、基于两侧压力差值微调节气门开度的步骤；循环调节直至实际转速近乎等于目标转速且两侧压力近乎相同，并在空燃比闭环控制的协调下使主从侧功率达到平衡。本发明在保证V型燃气发动机可顺利工作的前提下，不仅可以降低制造成本，优化结构布置，还可以确保主从侧的精确控制，实现主从侧功率的平衡。