本发明提供了一种燃料电池冷却系统及除气方法，燃料电池冷却系统包括冷却液循环装置，冷却液循环装置包括：第一循环回路、第二循环回路和第三循环回路；第一循环回路和第二循环回路之间可切换；第三循环回路与第一循环回路和第二循环回路相连通，燃料电池冷却系统内的气体随冷却液在第一循环回路或第二循环回路内流通，且通过第三循环回路精膨胀水箱排出外界环境；除气控制装置，与冷却液循环装置连接，用于控制第一循环回路和第二循环回路的切换。本发明的燃料电池冷却系统，第一循环回路和第二循环回路可以自由切换，保证冷却液在常温状态下可以在第一循环回路和第二循环回路中流通，有效提升燃料电池冷却系统的除气效果。