本发明属于电动汽车变速箱控制技术领域，具体涉及基于纯电动自动变速箱低速随转控制系统及其控制方法。包括：整车信号采集模块，用于采集整车的输入信号；低速随转检测模块，用于解决低速挂挡问题，在低速挂挡过程中，当出现挂挡过流时，档位退回N档进行低速随转处理；低速随转控制模块，用于让电机转动，换一个挂挡角度来重新挂挡，避开挂挡过程中齿对齿所导致的挂挡电机过流故障。通过采集电机转速、目标转速与档位进程状态；然后通过低速随转检测模块判断低速挂挡状态，建立低速随转判断；最后利用低速随转控制模块通过CAN网络发送信号给电机控制器，当检测低速随转标志有效时，控制电机，有效解决自动变速箱低速挂挡故障，增强车辆可靠性。