本发明公开了一种用于生物技术的微生物发酵装置，涉及生物工程技术领域，包括底座和发酵箱，发酵箱固定设置在底座上，发酵箱上设有投料口、排料口、移动组件、升降组件、混匀组件、第一开关组件和第二开关组件，投料口设置在发酵箱上的一侧，排料口设置在发酵箱上的另一侧，移动组件设置在发酵箱内，升降组件固定设置在移动组件上，混匀组件设置在升降组件上，升降组件可带动混匀组件进行升降作业，第一开关组件罩设在投料口上，第二开关组件设置在排料口上，本发明通过各个组件的配合工作时发酵箱内待发酵的原料可以充分的被发酵，解决了传统的微生物发酵装置无法充分发酵的问题，实用性较高。