本发明实施例涉及一种能检测多种真菌基因组DNA的微阵列芯片及其制备方法，该微阵列芯片包括：经过修饰的芯片固相载体；和经过修饰的基因芯片探针，所述经过修饰的基因芯片探针按照5’‑3’的方向包括以下结构：5’修饰基团‑Cn‑(dT)m‑寡核苷酸链3’，所述寡核苷酸链选自白色念珠菌、光滑念珠菌、近平滑念珠菌、曲霉菌、热带念珠菌和隐球菌中的两种或两种以上真菌的基因组DNA特异性区域的核苷酸序列或其互补序列。本发明实施例微阵列芯片中经过修饰的基因芯片探针有效减少了探针与PCR产物在特异性结合时的空间位阻效应，2种修饰方式的结合起到了协同作用，可以很好地检测多种真菌的基因组DNA。