本发明实施例涉及一种适用于细菌和/或真菌的基因组DNA提取方法，其包括以下步骤：除去临床标本中的液体部分以获得真菌和/或细菌的浓缩物；在获得的浓缩物中，加入适量的溶菌酶、溶壁酶和玻璃珠，混合；使细胞液中蛋白组分变性降解获得混合液；向混合液中加入磁珠使基因组DNA与磁珠结合，并分离磁珠；洗涤磁珠以去除杂质；洗脱磁珠上真菌和/或细菌的基因组DNA。本发明基因组DNA提取方法所加入的用于裂解真菌细胞壁的溶壁酶不会影响细菌基因组DNA的提取，所加入的用于裂解细菌细胞壁的溶菌酶不会影响真菌基因组DNA的提取。