本发明实施例涉及一种适用于细菌和/或真菌的基因组DNA提取方法，其包括以下步骤：除去临床标本中的液体部分以获得真菌和/或细菌的浓缩物；在获得的浓缩物中，加入适量的溶菌酶、溶壁酶和玻璃珠，混合，以裂解浓缩物中所含真菌和/或细菌细胞的细胞壁获得细胞液；使细胞液中蛋白组分变性降解以释放基因组DNA获得混合液。该方法既适用于细菌又适用于真菌，所加入的用于裂解真菌细胞壁的溶壁酶不会影响细菌基因组DNA的提取，所加入的用于裂解细菌细胞壁的溶菌酶不会影响真菌基因组DNA的提取。当化验人员需要对临床样本中的菌株进行基因组DNA提取时，无需区分其是细菌还是真菌。