本发明涉及菊糖领域，公开了一种提高菊糖纯度和莱鲍迪苷含量的制备方法，将甜菜根与甜菜叶切成丝后浸提，可充分地将原料中的菊糖提取出来；再通过柠檬酸、乙醇进行洗脱，可有效除去菊糖浸提液中其他糖类物质；得到的洗脱液再依次通过阴离子交换树脂、阳离子交换树脂、脱色树脂柱进行脱色、脱盐、脱味处理，获得高纯度的菊糖。本发明具有温和的操作条件以及强大的分离能力，安全可靠，可有效地从糖液中分离出菊糖，产品纯度可达93.16％以上，RA含量在58.37％以上，方便规模化工业生产。