本发明公开了一种低温醇提制备藻蓝蛋白的生产系统及其工艺方法，本发明生产系统具有浸提罐，浸提罐后通过管道及阀门依次串联有一级冷循环装置、冷循环离心机、二级冷循环装置、一级微滤膜过滤机、三级冷循环装置、二级超滤膜过滤机、三级浓缩膜过滤机、喷雾干燥塔，所述二级超滤膜过滤机和三级浓缩膜过滤机均位于10℃恒温无菌库中；本发明方法是采用低含量含醇磷酸盐缓冲液浸提螺旋藻粉，利用低浓度乙醇帮助螺旋藻细胞破壁并控制料液中的微生物总数，还在浸提后全程控制在10℃以下低温分离提纯，可在不影响藻蓝蛋白收率的情况下，将藻蓝蛋白中微生物菌落总数控制在100cfu/g以内，不仅大大优化了藻蓝蛋白生产工艺，还提高了产品质量。