本发明涉及水苏糖领域，公开了一种高纯度水苏糖的制备方法，先在水中浸提榨汁得糖液，再向糖液中加入酵母，酵母可有效分解糖液中的蛋白质、葡萄糖等杂质；再加入生石灰，可使糖液中的树脂质、胶体等杂质凝聚，再通入二氧化碳，使得碳酸钙及凝聚的杂质沉淀下来，利于除杂，提高水苏糖纯度；再通入纳滤膜、离子交换树脂，可得到高纯度的水苏糖。本发明步骤简单，操作方便，过程易于控制，方便规模化工业生产。实验结果表明，水苏糖的收率可达80.39％，纯度在92.36％以上。